Điểm căn chỉnh được tính như thế nào?

2024 Tác giả: Miles Stephen | [email protected]. Sửa đổi lần cuối: 2023-12-15 23:42

Các ghi bàn Của một sự liên kết , NS, tính toán là tổng của sự thay thế và khoảng cách điểm số . Thay thế điểm số được đưa ra bởi một bảng tra cứu (xem PAM, BLOSUM). Khoảng cach điểm số thường là tính toán là tổng của G, hình phạt mở rộng khoảng cách và L, hình phạt mở rộng khoảng cách. Đối với khoảng trống có độ dài n, chi phí khoảng cách sẽ là G + Ln.

Theo đó, điểm căn chỉnh là gì?

Tối ưu sự liên kết và điểm căn chỉnh Một tối ưu sự liên kết là một sự liên kết đưa ra mức cao nhất ghi bàn , và điểm căn chỉnh cái này là cao nhất ghi bàn . Đó là, điểm căn chỉnh của X và Y = the ghi bàn của X và Y dưới mức tối ưu sự liên kết . Ví dụ, điểm căn chỉnh của X và Y sau đây là 36.

Bên cạnh trên, căn chỉnh trình tự hoạt động như thế nào? Trong tin sinh học, a căn chỉnh trình tự là một cách sắp xếp trình tự DNA, RNA hoặc protein để xác định các vùng tương đồng có thể là hệ quả của các mối quan hệ chức năng, cấu trúc hoặc tiến hóa giữa trình tự.

Dưới đây là điểm số trong tin sinh học là gì?

Trong bối cảnh sắp xếp trình tự, a ghi bàn là một giá trị số mô tả chất lượng tổng thể của sự liên kết. Số cao hơn tương ứng với độ tương đồng cao hơn. Các ghi bàn quy mô phụ thuộc vào ghi bàn hệ thống được sử dụng (ma trận thay thế, hình phạt khoảng cách).

Căn chỉnh tối ưu trong căn chỉnh trình tự là gì?

Các sự liên kết tối ưu của hai protein trình tự là sự liên kết tối đa hóa tổng điểm của các cặp đấu trừ đi bất kỳ hình phạt nào đối với các khoảng trống đã giới thiệu. Lập trình động cho phép sự liên kết tối ưu của hai trình tự được tìm thấy theo thứ tự mnsteps, trong đó m và n là độ dài của trình tự.